眼の進化と生物多様性を研究しています。
The eye is one of the most elaborate organs in animals and the study of its evolution is of particular interest. It has been difficult to understand how this complex organ arose. Molluscs provide a good example of the application of evolutionary genomics, as all eye types have evolved in one lineage.
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以前紹介したSmultronがFraiseになりました。
オープンソースで復活していて名前もFraiseになっています。
下記サイトで公開中で、Filesというタブからダウンロードできます。
http://www.assembla.com/spaces/dashboard/index/dXMjeGqd4r37aBeJe5aVNr
Macのフリー高機能エディタ Smultronが復活
お茶大バイオインフォコースで使用したSmultronは開発が止まっていましたが、Jean-François Moy 氏により復活しています。64bit化&SnowLeopard対応。こちらからダウンロードできます。(Ref. soundscape out)
お茶大バイオインフォ初級コース
現在有志を対象にバイオインフォ初級コースをやっています。内容は Perl初級と SQL初級、Unixやバイオインフォツールの使い方などです。
miRNA target prediction
現在miRNA target予測プログラムとして有力なものは以下のようなものがあげられます。
このなかではMiRandaが若干良さそうです。
ほかに
があり、なかでもPITAが2次構造予測を加えたTarget Predictionになっており、よさそうとのこと。
他に実験で検証されたmiRNA target Databaseとして
の評判が良いとのこと。
As of June 2008
Ortholog DB
Orthologyは遺伝子の進化を見る上で非常に重要な概念ですが、近年ゲノム解読生物が増えるにつれOrthologyの大規模解析をしたDataBaseがいくつかでてきています。As of 20 Feb. 2008
Algorithm: Reciprocal smallest distance algorithm
Genomes: ENSEMBL次第
Orthologous pairs: -
Raw data download: Available
Comments: DBというよりもJAVA appletを使ったバイオインフォマティクスツール。Gain/Lossなど簡単な進化解析も可能。高機能だが重い。
Algorithm: Reciprocal smallest distance algorithm
Genomes: 35 genomes
Orthologous pairs: -
Raw data download: Available
Comments: 2種間のOrthology比較が見やすい。
Algorithm: Reciprocal smallest distance algorithm
Genomes: 220 genomes
Orthologous pairs: 183,935,606 orthologous pairs
Raw data download: Available
Comments: 信用できるのか？というほどゲノム数が多い。
Algorithm: Markov Clustering algorithm, Reciprocal smallest distance algorithm
Genomes: 55 genomes
Orthologous group: 70,388 orthologous pairs
Raw data download: Available
Comments: Inaranoidと同じくらいに信頼性が高いとされている。
おまけ
Assessing performance of orthology detection strategies applied to eukaryotic genomes.
Chen et al.
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0000383
